Il governo ha pubblicato le linee guida operative per fornire alle oltre 32mila amministrazioni pubbliche italiane le indicazioni per un corretto svolgimento delle attività di verifica e controllo del possesso del Green Pass. Dal 15 ottobre infatti tutto il personale dipendente delle pubbliche amministrazioni, e qualunque altro soggetto che intenda entrare in un ufficio pubblico, a eccezione degli utenti, dovrà essere munito di Green Pass, acquisito, o perché ci si è sottoposti a vaccino da almeno 14 giorni o perché si è risultati negativi al tampone, o ancora perché si è guariti dal Covid negli ultimi sei mesi. Sono inclusi nell'obbligo di certificazione verde, dunque, i visitatori, i partecipanti a riunioni, eventi o congressi, le autorità politiche o i componenti delle giunte e delle assemblee delle autonomie locali e regionali, come pure qualsiasi lavoratore che si rechi in un ufficio per svolgere un'attività propria o per conto del suo datore di lavoro (gli addetti alla manutenzione, i baristi all'interno degli spacci, i fornitori, i corrieri, i prestatori e i frequentatori di corsi di formazione).

Non sono consentite deroghe. I lavoratori in smartworking non devono necessariamente avere la certificazione verde ma la modalità di lavoro da remoto non può essere utilizzata allo scopo di eludere l'obbligo di Green Pass. Dall'obbligo sono esclusi soltanto gli esenti dalla campagna vaccinale sulla base di idonea certificazione medica. 

Il decreto legge 127/2021 stabilisce che sia il datore di lavoro a controllare le certificazioni. Questo può delegare il compito anche a un altro responsabile, preferibilmente con qualifica dirigenziale, tramite un atto scritto. Tuttavia ciascuna amministrazione è autonoma nell'organizzare i controlli. L'importante è che vengano utilizzate modalità di controllo che non determinino ritardi o code all'ingresso della sede di lavoro. Il lavoratore sorpreso sul luogo di lavoro senza Green Pass dovrà essere allontanato dalla sede di servizio e sarà considerato assente ingiustificato fino all'esibizione del certificato verde, includendo nel periodo di assenza anche le eventuali giornate festive o non lavorative. La stessa sanzione si applica anche in caso di rifiuto di esibizione della certificazione. In relazione alle giornate di assenza ingiustificata, al lavoratore non sono dovuti né la retribuzione né altro compenso o emolumento, comunque denominati, incluse tutte le componenti della retribuzione, anche di natura previdenziale, previste per la giornata lavorativa non prestata. I giorni di assenza ingiustificata non concorrono alla maturazione di ferie e comportano la corrispondente perdita di anzianità di servizio. Nel caso in cui, con l'entrata in vigore dell'obbligo di Green Pass, "dovesse emergere una interruzione di servizio essenziale, il Sindaco o il datore di lavoro, per le altre amministrazioni, potrà attivare, in via d'urgenza, convenzioni tra enti senza particolari formalità. Agli stessi fini potrà essere adottata ogni misura di riorganizzazione interna, come mobilità tra uffici o aree diverse, idonea a fronteggiare l'eventuale impossibilità di poter impiegare personale perché sprovvisto di green pass". Quindi, in altre parole il lavoratore senza pass potrà essere sostituito fino a quando non lo conseguirà.

Il Green Pass può essere utilizzato dal datore di lavoro solo ed esclusivamente per verificare che il dipendente sia in regola per accedere al posto di lavoro, ovvero provvisto di passaporto vaccinale. In nessun caso le verifiche potranno prevedere la raccolta e conservazione dei dati dell'intestatario (data del vaccino, guarigione dal Covid-19 o tamponi effettuati). Non è consentito nemmeno richiedere una copia delle certificazioni controllate o la loro scadenza. "È fatto esplicito divieto di conservare il codice a barre bidimensionale (QR code) delle Certificazioni verdi COVID-19 sottoposte a verifica, nonché di estrarre, consultare, registrare o comunque trattare per finalità ulteriori rispetto a quelle previste" dalla legge "in esito ai controlli".  Il possesso del Green Pass, comunque, non fa venire meno gli obblighi di isolamento e di comunicazione a cui è tenuto chi dovesse contrarre il Covid-19 o trovarsi in quarantena. In tal caso, il lavoratore dovrà immediatamente porre in essere tutte le misure già previste, a partire dagli obblighi informativi. Resta fermo per il personale dipendente, anche se munito di Green Pass, il rispetto di tutte le istruzioni fornite dal datore di lavoro per la riduzione del rischio di contagio, come il divieto di recarsi sul luogo di lavoro in presenza di sintomi riconducibili alla malattia.

È previsto, per le attività che necessitano di pianificazione e programmazione anche di turni (come quelle svolte da organismi che erogano servizi di trasporto quali treni, autobus, traghetti, funicolari), che il datore di lavoro possa richiedere ai lavoratori informazioni sul Green Pass con un periodo di anticipo, comunque non superiore alle 48 ore, e solo quando necessario a garantire un'efficace programmazione del lavoro. Questa ipotesi non fa comunque venire meno l'obbligo di effettuare i controlli all'accesso o quelli a campione. Il decreto-legge 127 del 21 settembre infatti permette il controllo a campione, quotidianamente su una platea non inferiore al 20 per cento del personale in servizio, assicurando la rotazione e quindi il controllo di tutto il personale.

Per verificare il possesso del green pass, le amministrazioni dovranno svolgere i controlli all'accesso. Tuttavia, quando le esigenze organizzative non lo consentano, sono tenute a svolgere controlli a campione nella sede di lavoro. Per "assicurare una efficace ed efficiente" verifica del Green Pass nei luoghi di lavoro, il Ministero della Salute "rende disponibili ai datori di lavoro specifiche funzionalità" per una verifica "quotidiana e automatizzata". Previsto l'uso "di un pacchetto di sviluppo per applicazioni, rilasciato dal Ministero della Salute con licenza open source", che si può "integrare nei sistemi di controllo degli accessi, inclusi quelli di rilevazione delle presenze". Per tutte le amministrazioni resta comunque disponibile l'applicazione "VerificaC19".  Per le tutte amministrazioni che utilizzano la piattaforma NoiPA, prevista una interazione in modalità asincrona tra la Piattaforma NoiPA e la piattaforma nazionale-DGC per la verifica delle Certificazioni verdi, che sarà resa disponibile a titolo non oneroso nel portale NoiPA. Per tutte le amministrazioni con più di 50 dipendenti, invece, con priorità per quelle che non utilizzano la piattaforma di NoiPA, un nuovo servizio pubblicato sul Portale istituzionale INPS che consente la verifica asincrona del Green Pass con riferimento all'elenco di codici fiscali di propri dipendenti, noti all'Istituto al momento della richiesta. Per tutte le amministrazioni con almeno 1000 dipendenti, dotate di sistemi informativi di gestione del personale, anche con uffici di servizio dislocati in più sedi fisiche, è prevista infine una interoperabilità applicativa con la Piattaforma nazionale-DGC, previa autorizzazione e accreditamento.

Al fine di non concentrare un numero eccessivo di personale ai punti di accesso e di verifica del possesso del green pass, ogni amministrazione dovrà provvedere ad ampliare le fasce di ingresso e di uscita dalle sedi di lavoro del personale alle proprie dipendenze.